O anime é, depois dos jogos, a segunda mídia mais importante de Pokémon e foi criado com o intuito de aumentar o valor da série. A Nintendo aproveitou a receptividade dos primeiros jogos junto às crianças para investir na produção de uma série de desenhos animados. Através da televisão, crianças que não possuíam Game Boys entraram em contato com Pokémon, expandindo ainda mais a área de influência da marca. Nos Estados Unidos, a boa receptividade dos primeiros jogos motivou a dublagem e lançamento do desenho em 1999. Pokémon tornou-se popular primeiramente com o lançamento da série de desenhos pelos canais Record e Cartoon Network no Brasil, e pelo canal SIC em Portugal.
O anime conta a história do garoto Ash Ketchum, um garoto decidido a tornar-se o maior Mestre Pokémon de todos os tempos sendo reconhecido no mundo todo. Para poder iniciar sua jornada, acaba ganhando um Pikachu que odeia ficar dentro de Pokébolas e por isso segue viajem no ombro de seu treinador. Em sua jornada, Ash conhece duas pessoas que o acompanham: uma delas é Misty, uma garota que teve sua bicicleta destruída por Pikachu e passa a viajar com Ash para fazê-lo pagar por ela, e Brock, um criador de Pokémon, que flerta com todas as mulheres. Ash e seus amigos sempre são perseguidos pela Equipe Rocket, formada por Jessie, James e Meowth, que a toda hora tentam derrotar e capturar Pikachu, sempre falhando.
O anime de Pokémon é divido em três fases. A primeira fase, chamada de Pokémon Série Original, que vai da primeira a quinta temporadas, mostra a jornada de Ash pelo continente de Kanto e pelo continente de Johto. Na segunda temporada, Ash, Pikachu, Misty e um observador de Pokémon chamado Tracey Sketchit, que substitui Brock, viajam por arquipélago conhecido como Ilhas Laranja, para presenciar um torneio especial onde a maior parte das batalhas ocorrem na água.
A segunda fase é chamada de Pokémon Advanced Generation, que se compõe da sexta a nona temporadas, mostra a viagem de Ash, Pikachu, Brock e os irmãos May (uma garota que sonha em ser uma grande Coordenadora Pokémon, pessoas que participam de concursos de beleza junto de seus monstrinhos) e Max (um garoto que acompanha a jornada de Ash para seguir seus passos quando puder ter licença para ser um treinador Pokémon) pelo continente de Hoenn. Nessa fase, Ash participa de uma Liga Pokémon no continente e May, de Concursos Pokémon. Na nona temporada mostra, Ash volta a Kanto junto de seus amigos, onde ele faz parte de um desafio chamado Battle Frontier, o qual o objetivo é derrotar sete grandes treinadores para obter um prêmio especial.
A décima temporada inicia a fase chamada de Pokémon Diamond & Pearl, Ash, Pikachu e Brock viajam pelo continente de Shinnoh junto de Dawn (filha de uma grande Coordenadora Pokémon que, ao lado de seu amigo Piplup, quer ganhar todos os Super Concursos Pokémon do continente) em busca de mais uma competição. Nessa fase, os protagonistas ainda têm que impedir uma organização criminosa, chamada de Team Galactic, de acordar os lendários Dialga e Palkia, o que poderia causar a destruição do Universo inteiro.
Além das dez temporadas existentes, há uma série de 22 episódios paralela às histórias da série principal, chamada de Pokémon Chronicles (lit. Crônicas Pokémon), que conta histórias cotidianas do mundo Pokémon e mostra diferentes protagonistas a cada episódio, na maioria das vezes Misty e Tracey. Há mais dois episódios separados, chamados de The Mastermind of Mirage Pokémon, um especial exibido na comemoração dos dez anos da série em 2006, e Pokémon Mystery Dungeon: Team Go-Getters Out of the Gate!, exibido para promover o lançamento de Pokémon Mystery Dungeon nos Estados Unidos.
Embora famoso, o anime de Pokémon era e ainda é muito criticado. Um revés que chamou a atenção do mundo antes mesmo do anime ser exibido fora do Japão foi um acidente envolvendo o episódio 38, O Soldado Elétrico Porygon, quando Pikachu libera um choque elétrico durante uma batalha. O efeito da freqüência de flashes luminosos da animação original desencadeou reações em telespectadores epilépticos. Foram cerca de 700 casos documentados após a exibição do programa. Desde então, os efeitos foram trabalhados para evitar problemas em pessoas sensíveis, o episódio foi banido e a produção da série ficou parada por um ano antes de ela ser lançada fora do Japão. Além desse episódio, o desenho foi banido na Turquia, após duas crianças, uma de sete anos e outra de quatro, saltarem da sacada de seus apartamentos em imitação aos personagens do desenho e também na Arábia.
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